目前已从动、 植物和微生物中分离的生物活性肽达几百种之多， 但生物活性肽目前尚且没有较为一致的分类方法。
1 按来源分 - 内源性生物活性肽和外源性生物活性肽两类
1）内源性生物活性肽即机体内存在的天然的生物活性肽 , 主要包括体内一些重要内分泌腺分泌的肽类激素 , 如促生长激素释放激素、 促甲状腺素、 肝脏合成的类胰岛素生长因子、 胸腺分泌的胸腺肽、 脾脏中的脾脏活性肽、 胰腺分泌的胰岛素等；由血液或组织中的蛋白质经专一的蛋白水解酶作用而产生的组织激肽 ,如缓激肽、胰激肽；作为神经递质或神经活动调节因子的神经多肽； 以及由昆虫、微生物、植物等生物体产生的抗菌肽。 其它如阿片肽、成纤维细胞生长因子 (FGF) 、表皮细胞生长因子 ( EGF) 、转化生长因子 - β( TGF - β) 、血小板衍化生长因子( PDGF) 、角化细胞生长因子 ( KGF) 等等。
2）外源性生物活性肽多以特定的氨基酸序列肽片段存在于蛋白质中，包括存在于动植物和微生物体内的天然生物活性肽和蛋白质降解后产生的生物活性肽成分, 直接或间接来源于动物食物蛋白质 , 如动物乳汁 , 尤其初乳 , 就可直接提供多种生物活性肽 , 包括乳源性表皮生长因子、神经生长因子、转化生长因子和胰岛素等；动物饲料蛋白质原料 , 包括筋肉、牛乳酪蛋白、小麦谷蛋白、小麦醇溶蛋白、玉米醇溶蛋白、大豆蛋白等在动物胃肠道消化后可间接提供多种生物活性肽；也可以进行人工合成 , 如风味肽、苦味肽等。
外源性生物活性肽进入机体后可经磷酸化作用、 糖基化作用或酰基化作用变换为多种其它形式的肽。
外源性活性肽与内源性活性肽的活性中心序列相同或相似 , 外源性活性肽在蛋白质消化过程中被释放出来 , 通过直接与肠道受体结合参与机体的生理调节作用或被吸收进入血液循环 , 从而发挥与内源性活性肽相同的功能。
2 按功能大致可分 - 生理活性肽（包括抗菌活性肽、神经活性肽、激素调节肽、抗高血压活性肽、抗氧化活性肽、免疫活性肽等）、调味肽、抗氧化肽、营养肽等。
3 按取材分 - 海洋生物活性肽和陆地生物活性肽
1）海洋生物活性肽包括鱼类多肽、 扇贝多肽、海绵多肽、 海鞘多肽、海葵多肽、
海藻多肽等。
2）陆地生物活性肽包括大豆多肽、 乳蛋白活性肽、 麦胚活性肽、玉米蛋白肽等。
4 按原料划分 - 生物活性肤按原料划分主要有乳肽、大豆肽、玉米肽、畜产肽、
水产肽、复合肽等。
